汛期出现的洪涝灾害，极易发生传染病，尤其是肠道传染病的暴发流行。其原因是由于洪水泛滥，使大量的人畜粪便、垃圾、动物尸体冲入水中，使水中的生物污染急剧增加；加之汛期日照强烈，水温升高，有机物则加速分解；还有工业废渣、农药、化肥及有害化学品受淹，导致局部饮用水被污染。即使没有被洪水淹没的水井，也会因受地面水的影响，使水质受到严重污染。因此，在被洪水污染的河、塘、井水及水厂的水源中均可检出痢疾杆菌、副伤寒沙门氏菌及霍乱弧菌等急性肠道传染病致病菌。霍乱、伤寒、痢疾被称为三大水媒传染病。钩端螺旋体病、血吸虫病、真菌感染主要也是在参与防汛抢险和与污染水（疫水）接触而造成传染。一些常见的寄生虫病（钩虫病、蛔虫病）、皮肤炎症等，也与接触污染水有着密切的关系。
由此可见，加强汛期饮用水的管理极为重要。在发生洪涝灾害的地方，如果水井被淹没，自来水设施受到摧毁，可对饮用水采取如下紧急净化和消毒措施：1、浑浊的水要先经过洁治（混凝、沉淀、过滤）后再消毒；苦咸水要经过淡化处理；对含有毒物可疑的水源，一般情况下要严禁使用。在万不得已的情况下若要饮用，必须经过特殊的处理后，检验合格方能使用。2、家庭饮用水，需先在缸（桶）内的浑浊水中加一粒花生米大小的明矾（约25克），然后用木棍在水中搅拌，待水清时用漂白粉消毒。其具体方法是：每桶水（约25公斤）中加漂白粉上清液一匙（约15毫升），充分搅匀，过30分钟后即可饮用；亦可使用漂白精片，每100公斤水加漂白精片一片，先把药片捣碎，用水调成糊状，然后倒入水中搅拌，过30分钟后即可饮用。
另外，参加抗洪抢险的军民，在气温高的环境中劳动，出汗多，易中暑，必须及时补充水分。饮用水一定要煮开，不要喝生水。同时切记在大量出汗时不宜饮用纯白开水，因为人体大量出汗时，体内失去较多盐分，电解质平衡被破坏，饮进去的水无法在组织和细胞里停留，会随汗液排出体外，使口渴更严重。因此大汗后提倡饮用茶水或防暑饮料，每100毫升防暑饮料中要加入2克食盐。口渴时饮用这种含盐的饮料既能解渴，又能防止发生中暑。
